1.打开仪器右下方的开关，进入Profinia主页，选择Bio-Rad Methods。
2.进入方法选择界面，根据使用需求，选择相应的层析方法。
3.点击Next进入方法类型、样品数量和层析柱体积设置菜单。方法类型分Native和Denaturing 两种状态，根据自己实验设计进行选择，Profinia可同时纯化两种样品，亲和柱和脱盐柱体积配置为1 ml+10 ml或5 ml+50 ml，根据纯化样品的多少选择层析柱。
 PS：如大肠杆菌中目的蛋白的表达占菌体总蛋白10%以上，则200 ml菌液足以适用1 ml亲和层析柱。
4.点击Next进入Sample Flow rate & wash time设置界面。
PS：如目的蛋白MW大于100 kD或低表达，建议采用Low Flow rate，如想改进纯度可采用Extended wash time。
5.点击Next进入运行和样品信息编辑界面，需要编辑Username，Run name，Sample name，Sample volume及Sample 消光系数。Run name很好设置为运行的日期，样品的消光系数如不知，则仪器默认为1，所得浓度有±30%的误差。
6.点击Next进入试剂、样品和收集管放置界面，根据图示摆放样品、缓冲液、收集管、稀释液和废液瓶。此界面也显示了每瓶试剂所需量。
7.点击Next进入Select Cartridge Status界面，选择“No”，然后进入Line Priming界面，按照指示板说明将柱1和柱2位的上下端旋紧，再按“Start”系统进行灌注，这时出现Priming in progress界面，Priming结束后跳至层析柱安装界面，按图示安装层析柱。
8.点击Next进入Start Run界面，确认各试剂、样品、收集管及层析柱安装无误，按“Start”进入运行界面。该界面会提示样品在何时洗脱及整个运行何时结束。
9.待运行结束后，进入了系统End-of run cleaning界面，根据显示屏提示，在两样品管中放入25 ml DI water，在B8管中放入20%乙醇，然后按“Start”开始清洗系统。
10.清洗结束后显示Run completed界面，根据提示用U盘拷出数据。
PS：在开机和换缓冲液时，建议进入Data/Utilities界面，点击Diag/Maint Function，选择Clean all inlet and outlet lines，根据显示屏提示放置溶液，此时不要安装层析柱，然后按“Start”进行系统清洗，以防止前次实验使用溶液在系统中有残留。