每个预装的柱子含有100μl的树脂。一倍柱体积相当于一体积树脂（1CV=100μl，对于mini Spin柱来说）。
按手册说明准备Profinity eXact MBP对照裂解液。
在样品上柱前留出少量的裂解液。在后面的分析中（如：SDS-PAGE），这部分样品将作为对照泳道上样。所有的离心均在室温，1, 000×g 速度30秒下进行。如果没有离心机，柱子可以在重力作用下排出液体。
1．在4℃下预冷结合/冲洗缓冲液。
2．去除预装柱中的保存缓冲液。
把柱子末端的帽子掰断，保存好帽子，此帽子以后可以用来塞柱子。把柱子放到一个2ml的收集管中，1, 000×g，离心30秒。倒掉滤出液，把柱子重新放在收集管中。
3．用500μl冲洗缓冲液预平衡柱子。
因为保存缓冲液中含有0.02%的叠氮化钠用来抑菌，为了去除叠氮化物对离子的激发作用，这步预平衡是必须的。加500μl的冲洗缓冲液，离心并弃掉滤出液。再重复一次。用前面折断的帽子塞住柱子。
4．每个柱子中加入多至600μl澄清的大肠杆菌裂解液（上样量取决于表达水平）。
用吸管轻柔的混合裂解液和树脂，然后把柱子盖好。
用500μl的重悬Profinity eXact MBP对照裂解液作为纯化阳性对照。
5．在摇床上，4℃下轻柔的混合5-20分钟。
如果是快速筛选，在室温下孵育裂解液和树脂1-5分钟。
如果是用该柱子纯化较大的蛋白（＞75kD），在4℃下孵育更久的时间，则纯化效果会更好。
6．收集未结合的留出液。
小心的拿下帽子。把柱子放在一个干净的收集管中。离心并收集留出液；把这部分留出液标记为Flowthrough。
当纯化表达量低的蛋白时，可以重复4-6步来使更多的裂解液上到柱子中。
7．把柱子放在一个新的2ml收集管中。
8．用500μl的冲洗缓冲液洗柱子。
用吸管或颠倒两端已经堵住的柱子来混合树脂和缓冲液。
9．离心，重复冲洗步骤。
通过离心去除未结合的蛋白。保留这两步的流出液，标记为Wash 1和Wash 2。这步可以根据纯化蛋白的需要增加额外的冲洗步骤。
10.用帽子把柱子塞住。
11.加500μl的洗脱缓冲液洗脱无标签的蛋白。
    用吸管或颠倒两端已经堵住的柱子来混合树脂和洗脱缓冲液。在室温下孵育样品至少30分钟。为得到更多的纯化蛋白，可以把两端塞好的柱子放在摇床或旋转混合器上混合。在4℃下至少孵育12小时进行酶切。
    小心拿掉帽子。把柱子放到一个新的收集管中，离心并收集无标签的靶蛋白。保存流出液，作为以后分析用。
12．分析上面各步骤中的流出液，可使用A280，Experion，SDS-PAGE，ELISA和western blot等方法。