一．运行程序
1．接通仪器电源，打开仪器开关，仪器自检后，显示主菜单。


2．在PCR管中加入样品，把管子放入仪器中，关上盖子，准备开始实验。
3．检查主菜单中状态是否为Block is idle，选择RUN。然后选择需要运行的程序，点击ENTER确定选择并继续。
注意：当仪器安装了双48反应模块时，当两个模块均为闲置状态时，状态信息才显示Blocks are idle。
4．选择运行的程序：点击箭头键选择一个文件夹，然后点击向右箭头键选择此文件夹中的文件。选择MAIN文件夹可选择预设程序。点击ENTER确定并继续。
注意：运行中的程序是不能进行编辑的。程序中的改动将在下一次此程序运行时被应用。
5．选择运行模块（双48模块形式）
点击箭头键选择BLOCK A或BLOCK B。点击ENTER继续。
6．输入样品体积
   输入1-50微升（使用Calculated mode）或输入0微升（使用Block mode）。
6．选择VIEW键预览运行的程序（可选择操作）
点击向右箭头键选择VIEW，点击ENTER确定进行程序预览。点击ENTER向下翻页来预览程序，在程序最后一步再次点击ENTER返回。
7．选择RUN开始运行。
选择RUN，点击ENTER开始运行。
8．程序运行时的监测（可选操作）
程序运行开始后，点击SCREEN键可在下面三个屏幕之间切换。
A．运行屏幕：程序开始运行后，在屏幕的最下面一行将显示运行状态。点击Screen键可显示Running屏幕。
    B．图形屏幕：此屏幕可显示              每一步的目标温度。
    C．Time Remaining屏幕：此屏   幕显示到程序结束的剩余时间。
9．浏览Protocol complete屏幕
程序结束后，将显示Protocol complete屏幕。浏览此屏幕后，点击ENTER返回主菜单。
10．浏览LAST RUN屏幕（可选操作）
   返回主菜单后点击SCREEN键可浏览LAST RUN。注意：运行双48模块时，再次点击SCREEN键可浏览每一个Block的LAST RUN。
11．点击SCREEN键返回主菜单
12．暂停和继续运行
   点击PAUSE键可暂停运行，再次点击PAUSE可继续程序运行。
13．跳过一步
   当需要跳过的一步正在运行时，点击ENTER键，然后点击向左或向右键选择Yes或No。然后点击ENTER确定选择。
14．终止程序运行
   点击CANCER键并选择YES，点击ENTER确定选择。屏幕将会显示PROTOCOL CANCELLED屏幕。再次点击ENTER可返回主菜单。
12．用INCUBATE键进行样品孵育
   点击INCUBATE键，选择YES或NO后点击ENTER确定，输入0-100度之间数值设定孵育温度，点击ENTER键开始孵育，点击CANCEL键可终止孵育。

二．程序的创建和编辑
1．选择NEW创建新的程序文件：点击主菜单中的NEW，然后点击ENTER确定。
2．命名新程序：输入程序的名称，点击ENTER。
3．输入热盖温度（可选操作）：输入热盖温度，点击ENTER确定。
4．输入样品体积：输入样品体积后点击ENTER确定。
5．输入程序中的温度步骤：点击箭头键选择步骤类型，选择TEMP输入温度步骤，选择GRAD输入梯度温度步骤，点击ENTER继续。注意：程序的第一步必须是TEMP或GRAD步骤。
    输入目标温度（0-100度），点击ENTER继续；输入维持时间（0：01-18：00：00），点击ENTER。选择YES，NO或OPTION确定，取消或增加更多参数设置。
6．输入梯度温度步骤（可选操作）
   点击箭头键选择GRAD并输入梯度温度步骤，点击ENTER确定。选择YES，NO或OPTION确定，更改或预览及增加维持时间。

7．继续编辑程序步骤
重复第五步继续输入温度步骤。
8．输入GOTO步骤（可选操作）
点击箭头键选择GOTO，点击ENTER继续，输入GOTO重复中的第一步的步骤数。点击ENTER继续。

9．输入程序中的剩余步骤
10．输入程序结束步骤
点击箭头键选择END键，点击ENTER继续。选择YES或NO确定设置。
11．在已有文件夹中保存新编辑的程序文件
   点击箭头键从文件夹列表中选择一个文件夹进行保存，或保存在MAIN文件夹中，点击ENTER确定保存并返回主菜单。
12．增加INC，EXT，RATE和BEEP参数
   温度步骤中可以包含四个增加的参数，包括：
   INC：在各循环中恒定的改变某一步的目标温度
   EXT：延长每个循环的维持时间
   RATE：改变升降温速率
   BEEP：仪器在达到目标温度后发出警报声
   A．温度步骤中增加INC参数：点击箭头键选择OPTION，点击ENTER继续；选择INC，点击ENTER继续；点击数字键输入参数，需要设定每个循环中降低温度时可输入负值（点击CANCEL-键），点击ENTER继续；点击YES或No确定设置或改变参数。
B．在温度步骤中增加EXT维持时间：选择OPTION，点击ENTER；选择EXT，点击ENTER；输入参数，减少时间的设定可通过点击CANCEL（-）键进行，点击ENTER继续；选择YES或No进行设置确定或重新设置。
C．改变升降温速率RATE：选择OPTION，点击ENTER继续；选择RATE，点击ENTER；输入参数（度/秒），点击YES或No确定设置或重新设置参数。
D．在温度步骤中增加BEEP：选择OPTION，点击ENTER；选择BEEP，点击YES或No，然后点击ENTER。
13．对已经保存的程序进行编辑EDIT
   A．在主菜单中选择EDIT，点击ENTER
   B．从文件夹中选择某个程序
对该程序可进行如下编辑：修改此程序的默认热盖温度（可选）；改变默认样品体积（可选）；选择某个步骤进行编辑；选择可编辑的方法，如INS，DEL，EDIT，OPTION；插入一个步骤（可选）；删除一个步骤（可选）；对某一步骤进行编辑（可选）；在某一步骤中增加额外的参数。
在编辑进行完成后，选择程序的最后一步，选择END，点击ENTER。
三．程序文件及文件夹的管理
在主菜单中点击FILES按钮可打开文件可文件夹进行文件及文件夹的管理。在文件及文件夹选项中会出现以下相应的选项：
PROTOCOLS：
COPY/MOVE：拷贝或转移某个已经存在的程序至另一个文件夹处。
DELETE：删除程序
RENAME：重命名程序
FOLDERS：
NEW：创建一个新文件夹
SECURE：所保护的文件只有在输入密码后才能被删除或编辑。
Delete：删除文加夹及其中的所有内容
RENAME：重命名文件夹