1．试剂准备
按实验要求准备凝胶储备胶，缓冲液，变性凝胶溶液，过硫酸铵，上样缓冲液等。并对相应试剂进行脱气和0.45微米滤膜过滤，灭菌等处理。
2．样品准备
对PCR产物进行琼脂糖胶定量，准备适当量的PCR产物。对垂直变性胶，可把野生型和突变型样品混合后上样；对水平变性胶，每块胶都需要一个野生型的对照。
3．系统温度控制仪的设定
A．在电泳槽中装入适量（根据不同的胶确定缓冲液体积，见下面的分类介绍）新鲜配置的1×TAE缓冲液。
B．把温度控制仪放在电泳槽顶部，接通电源线，打开电源开关，蠕动泵和加热仪。
C．设置温度控制仪的温度，设置温度升温速率在200℃/hr。
D．预加热缓冲液至设定温度，此过程约需1-1.5小时。也可以事先把缓冲液装在大烧杯中，在微波炉中加热以减少预热时间。
4．垂直变性梯度胶灌制（DGGE）
组装前所有玻板和垫条要保持干净和干燥。组装时带好手套。
A．把胶三明治放在干净的桌面上。按下图组装好三明治结构，两端垫条上的洞置于上端。使垫条上的凹口边缘相对放置。
B．把三明治夹子上的螺丝逆时针旋转放松，按图示方向夹住玻板边缘。
C．抓紧三明治结构，把左右夹子夹到玻板边缘的正确位置。旋紧螺丝以固定玻板。
D．把三明治结构放置于制胶台上。放松三明治夹子的螺丝，插入制胶卡片，使垫片水平于夹子。
E．把两边的夹子同时向里推，使玻板和垫片对齐，同时用拇指把垫片推至底。旋紧螺丝，固定好三明治结构。
F．取出制胶卡片。把三明治结构从制胶台上取下，检查玻板和垫片的底部是否平齐。如果不平齐，则要重新组装三明治结构。如果平齐，则旋紧螺丝直至有阻力感。
G．把梳子放置于三明治垫片凹口处。制作7.5×10cm垂直胶时，把中间的垫条插入三明治结构中间使其处于梳子凹口中间。中间的垫条底部也应与玻板底部齐平。注意：16×16cm胶的梳子是单孔的，不需要中间的垫条。
H．检查梳子垫圈，确保梳子排气孔不被凝胶堵塞。软的梳子垫圈要平整的放置于梳子垫圈架中。
I．把三明治结构垂直的放置于桌面上。把梳子垫圈架上的螺丝旋松到头。在螺丝上中间位置用记号笔作一箭头标记。使梳子垫圈螺丝和长玻板朝向自己，把梳子垫圈架放置于三明治顶部，正确放置梳子垫圈架，使其与两边垫片互补。旋紧螺丝，使其刚好接触玻板，然后再旋紧螺丝1/4圈。
J．在螺丝彻底旋紧前，压力夹必须附在三明治结构上。旋松压力夹螺丝，在螺丝中间位置作标记。把压力夹放置在桌面上，使凹槽切面向上，夹子上螺丝朝上远离自己方向。
K．翻转三明治结构，使梳子垫圈螺丝朝下，排气孔朝上。正确安装压力夹，使其在旋紧螺丝过程中梳子垫圈架的受力均匀。旋紧压力夹螺丝直至其接触到梳子垫圈架，然后再额外旋紧压力夹螺丝两圈。
L．再旋紧梳子垫圈螺丝一圈。如果旋太紧，玻板可能破裂。检查梳子垫圈和垫片的密封性之后拿掉压力夹。
M．把注射孔接头旋进三明治夹的孔中。不要旋的太紧，否则会损坏O型环引起漏液。把活塞插入注射孔中，确保其紧密性，否则会在灌胶过程中引起漏胶。
N．把灰色的海绵放入前面的灌胶缝槽中，灌胶台上的凸轮向上。把三明治结构放置于海绵条上，短玻板朝前。放置好三明治结构后，把凸轮手柄放下使凸轮锁住三明治结构。
（1）7.5×10cm双胶灌胶时，一次只能灌一块胶。灌胶时需要打开三明治结构上通气孔上的活塞，另半块胶上的三明治结构上的通气孔需要堵上。
（2）16×16cm胶灌注时，两个通气孔都要堵上。16×16cm垫条是单向的，有凹槽的垫条是位于右手边的，较小较短的垫条是位于三明治结构的左手边。
O．用倾斜杆把三明治结构及制胶台倾斜放置。灌制7.5×10cm胶时，调整倾斜杆的高度至杆的很高刻度线，灌制16×16cm胶时把倾斜杆高度调制很低。
P．使用475梯度形成仪灌制垂直梯度胶。具体方法见475梯度形成仪快速操作指南。
Q．胶聚合约60分钟，拿掉梳子，进行电泳。
5．水平梯度变性胶灌制（DGGE）
A．灌制水平胶，推荐16×16cm的胶尺寸。水平胶使用普通垫条即可。组装前所有玻板和垫条要保持干净和干燥。组装时带好手套。
B．按图示把胶三明治平放在桌子上，把两块玻板及两边的垫条组装成三明治结构。
C．逆时针旋松三明治夹的螺丝，按箭头方向把夹子放在三明治结构边缘。
D．抓紧三明治结构。用夹子夹住玻板，旋紧螺丝。
E．把三明治结构放置于制胶台槽中，短玻片朝前。旋松三明治夹，插入制胶卡片使垫片平行于夹子。
F．把两边的夹子同时向里推，使玻板和垫片对齐，同时用拇指把垫片推至底。旋紧螺丝，固定好三明治结构。
G．拿掉制胶卡，把三明治结构从制胶台上取下，检查玻板和垫片底部是否平齐。如果不齐平，重复上面步骤安装三明治结构。
H．检查完毕后，旋紧夹子旋钮。
I．用475梯度形成仪灌制水平梯度胶。具体方法见475梯度形成仪快速操作指南。
J．胶聚合约60分钟，拿掉梳子，进行电泳。
6．恒定变性浓度胶灌制（CDGE）
A．三明治结构的组装与水平梯度变性胶三明治结构组装方法相同（见上）。
B．在三明治结构组装好后，在一个50ml的试管中加入计算后的一定量的低变性浓度和高变性浓度的胶溶液，混合后制成所需变性浓度的胶溶液。加入终浓度为0.09%（V/V）的过硫酸铵和TEMED溶液，混合。
C．在三明治结构中插入梳子，使之略为倾斜。
D．把胶溶液倒入或加入三明治结构中，直至胶溶液覆盖住梳子的孔。把梳子垂直插入胶中至合适高度。如果需要可加入额外的胶溶液。
E．待胶聚合约60分钟后，小心地拿掉梳子。进行电泳。
7．时间温度梯度胶灌制（TTGE）
时间温度梯度胶的灌制方法与恒定变性浓度胶灌制（CDGE）的灌制方法相同。
8．异源双链核酸分子分析胶及构象敏感凝胶电泳（CSGE）胶灌制
试剂的配置请参照Dcode说明书，胶的灌制方法与CDGE及TTGE胶灌制方法相同。
9．单链构象多态性（SSCP）分析胶灌制
试剂的配置请参照Dcode说明书，电泳系统需接制冷仪，请参照相关说明书进行安装。SSCP胶灌制方法与CDGE，TTGE机CSGE胶灌制方法相同。
10．蛋白质中断检测胶灌制（PTT）
试剂的配置请参见Dcode说明书。该胶为不连续胶，上层为积层胶，下层为分离胶。三明治结构与CDGE胶相同。在组装好该结构后，在该结构中插入梳子，用记号笔在玻板上位于梳齿下方1-2cm处作一标记，之后拿掉梳子。在三明治结构中加入配好的底层胶溶液至标记处；立即加入水，水饱异丁醇或叔戊醇。在胶聚合后（约60分钟），倒掉上层水，并用去离子水清洗胶上层。加入配好的上层胶后插入梳子。待胶聚合60分钟后，拿掉梳子，进行下面的电泳步骤。
11．电泳
A．把电泳芯平放在台子上。确保U型垫圈已在电泳芯上并检查其是否干净。
B．在胶聚合后，把三明治结构取下，拿掉梳子。
C．短玻板朝向电泳芯，按图示方式以20度角把胶三明治结构插入电泳芯上部。
D．在插入三明治结构后，会听到咔哒一声。短玻片的上缘会和U型垫圈的凹口切合。
E．把电泳芯翻转至另一面时，重复上面步骤安装另一块胶三明治结构。如果只跑一块胶，则在另一面可安装一套无垫条的玻板。
F．在上层缓冲液槽中加入350ml缓冲液，并检查上层缓冲液槽的密封性，如果发现有漏液情况，则把缓冲液倒回烧杯，重新安装三明治结构到电泳芯上。
（1）DGGE，CDGE和SSCP胶电泳
a．电泳槽中装入7L缓冲液。
b．当缓冲液到达指定温度时，把电源关掉。
c．把温度控制模块放在Dcode盖架上。把电泳芯和三明治结构放入缓冲液槽中，红色按钮朝向右手边，黑色按钮朝向左手边。把温度控制模块放在电泳槽上面。
d．连接电源线，打开电源，蠕动泵和加热器。在电泳槽中加入缓冲液至max线。在上样前使系统达到设置温度，此过程约需10-15分钟。
（2）TTGE胶电泳
a．电泳槽中装入7L缓冲液。
b．当缓冲液到达指定温度时，把电源关掉。
c．把温度控制模块放在Dcode盖架上。把电泳芯和三明治结构放入缓冲液槽中，红色按钮朝向右手边，黑色按钮朝向左手边。把温度控制模块放在电泳槽上面。
d．连接电源线，打开电源，蠕动泵和加热器。在电泳槽中加入缓冲液至max线。在上样前使系统达到设置温度，此过程约需10-15分钟。
e．当系统到达设定温度时，点击℃/RR按钮选择升温速率。使用增加或降低按钮设置升温速率。在上样前让加热器平衡至低升温速率10-15分钟。点击℃/RR按钮返回温度显示状态。
（3）Heteroduplex，CSGE和PTT胶电泳
a．电泳槽加入至少2L缓冲液。
b．把温度控制模块放在Dcode盖架上。把电泳芯和三明治结构放入缓冲液槽中，红色按钮朝向右手边，黑色按钮朝向左手边。把温度控制模块放在电泳槽上面。
G．上样
把盖子拿掉，用电泳缓冲液冲洗样品孔后上样。
H．电泳
a．DGGE，CDGE在130V运行，电压不超过180V。
b．TTGE电泳需设置的温度并在130V下电泳，电压不超过150V。
c．SSCP电泳在20-40W恒定功率下进行2-6小时，或依据经验设定电泳条件。
d．Heteroduplex胶在100V下电泳16-20小时。该类型胶电泳时不需要温度控制模块。
e．CSGE胶在1-2mA下运行。该类型胶电泳时不需要温度控制模块。
f．PTT胶推荐在恒电流条件下进行电泳：1.0mm的胶可在25-35mA下电泳45分钟，之后增加电流至40-50mA，运行时间为3-5小时。该类型胶电泳时不需要温度控制模块。
12．电泳结束
A．电泳结束后，关掉电源（加热仪，泵和电源），使加热仪在缓冲液中冷却1分钟。
B．把温度控制模块拿掉。
C．把电泳芯和胶三明治结构放于桌上，取下三明治结构。
D．旋松三明治夹的螺丝，把玻板小心的取下。
E．把垫条拿下，并切下胶的一个角以区分两块胶。
F．清洗Dcode各部件，把Dcode模块放置于Dcode台上，加入500ml蒸馏水，使泵的进水口浸入水中，取一个空烧杯放在泵的出水口，打开泵使之运行1-2分钟进行清洗。
G．根据需要用不同方法对胶进行染色。