1．灌胶，待胶凝固后，上样。
2．缓冲液循环系统安装
A．把电泳槽放置在水平桌面上。在电泳槽内加入约2.2升合适的电泳缓冲液。
B．打开主机开关，待主机自检结束后，打开循环泵开关，使电泳缓冲液开始循环，泵的速度设在0.75L/min（泵上设置为70）左右。然后开启冷凝系统开关，按“set temp”键设置所需电泳温度，按“actual temp”显示实际温度。
3．待电泳缓冲液到达设置的温度后，将加好样的凝胶连同底座一起放入电泳槽内。确保缓冲液高于胶平面2mm。调解缓冲液的流速。盖好电泳槽盖。
4．在主机上设置电泳程序，CHEF-DR III系统可连续执行三个电泳条件模块。每一模块需输入运行的参数，如转换时间，转换时间，运行时间和V/cm。
A．打开控制模块电源。仪器将发出一声警报声，并显示1，BLOCK提示灯亮。如果仪器未显示1，点击RAISE或LOWER直至显示1。
B．输入转换时间（Initial Switch Time），转换时间（Final Switch Time），运行时间（Run Time），点击RAISE或LOWER进行数值调节。
C．输入Volts/cm和角度（Included Angle），点击RAISE或LOWER进行数值调节。
D．如果还需要使用Block 2，点击BLOCK，点击RAISE进入Block 2，同上方法输入参数。
E．如果还需要使用Block 3，点击BLOCK，点击RAISE进入Block 3，同上方法输入参数。
以下是个运行参数的设定范围及涵义：
Block：可在1-3 Blocks之间进行调解。Block 1首先运行，然后是Block 2，最后是Block 3。运行时间为0时该参数所在Block不可用。
Initial Switch Time：可从0.1秒至65K（显示为65t）秒之间进行调解。
Final Switch Time：可从0.1秒至65K（显示为65t）秒之间进行调解。
RUN TIME：可在0.1小时至999小时之间调解。运行时间为0时，该参数所在Block不可用。
Volts/cm：可在0.6伏特至9.0伏特之间调解，增幅为0.1伏特。
Included Angle：可在90至120度角度之间进行调解，增幅为1度。
实际电流：显示当前电流，单位为毫安培。此参数不可调解。
5．运行程序
程序设置完成后，点击START/PAUSE可开始运行。程序运行中，左边显示屏显示剩余时间（单位：小时），右边显示屏显示当前电流（单位：毫安培）。程序运行开始后，不能进行参数的修改。
在含多个Block运行程序的运行中，可以通过暂停仪器运行来检查当前没有运行的Block的运行参数。点击RAISE和Lower键可在三个Blocks之间进行切换。
6．程序的终止
点击PAUSE/START RUN维持3至4秒钟，可手动终止运行中的程序。当仪器处在暂停状态下时，仪器不能被终止。程序终止后，仪器将发出两声警报声，并显示OFF。再次点击PAUSE/START RUN将从程序开始运行程序。
当程序执行结束后终止时，仪器将每秒发出两声警报声，并维持5秒钟并显示END。
7．程序的清除
Block1，Block2和Block3的参数可以被完全清除并恢复为默认设置。同时点击RAISE和LOWER维持5秒（每过一秒仪器发出一声警报）可使各参数恢复为默认值。
8．电源中断
CHEF-DR III系统含有电池支持储存装置RAM，当电源中断时可以保存当前运行的程序。程序运行中，电源发生中断，在PAUSE模式下2分钟后，程序将自动继续运行。
9．电泳结束后，依次关掉冷凝系统和主机开关，打开电泳槽取出凝胶进行染色等操作。