SNP Manager是一个功能强大的Excel文件格式，此文件由多个功能特殊工作表组成，这些工作表包含：
Assay Config：可设置位点/同源基因关联及设置基本的检测分析选项
aMFI：显示调解后（背景扣除）的平均荧光强度和平均背景值，并高亮显示SNP/同源基因
AR：计算每个同源基因的同源率并高亮显示缺失或纯合同源基因
Genotype：显示每一位点的基因型，这些基因型的判定是基于AR工作表中的同源率得来
Plate Setup：可更改样品的设置及阳性及阴性对照的设置
Options：可在此表中改变显示和分析选项
workflow：SNP Manager软件的使用介绍
Raw Data：包含有输入的原始数据
Copied Data：显示在数据工作表中（aMFI，AR及Genotype）已经拷贝过的表格，这些数据可以从此工作表中被拷贝至其它位点。
SNP Manager软件的使用流程如下：
1．打开SNPmanager2.xlt文件，保存此文件为snpmanagerxxx.xls，其中xxx是自己选择的名字。
2．把Bio-Plex数据导入到Excel中：
A．打开Bio-Plex Manager数据文件
B．浏览原始数据
C．把数据导入Excel
D．浏览新的Excel工作表

3．在新的工作表中，通过SNP Manager菜单选择Import New Assay。

4．浏览或设置位点与检测参数：
A．命名位点
B．给同源基因指派位点
C．改变目前的阀值（如果与默认值不同）
D．改变容差范围（如果与默认值不同）
5．从SNP manager菜单中选择Analyze Data。

如果在命名分析物时，使用了命名惯例，那么SNP Manager软件将自动追踪同源基因位点关联，自动识别和对相应的位点及同源基因进行设置。如果没有使用命名惯例，也可在Assay Config工作表中输入关联。
命名惯例：同一位点的SNP（或基因型）有相同的前缀。在前缀后，同源基因以N或M命名（即正常或突变）。如：SNP1N，SNP1M，SNP2N，SNP2M；FVN，FVM；PRN，PRM。
注意：正常和突变的同源基因在原始数据文件中是彼此相邻的。每个位点可以可以指定四个突变的同源基因（M，M1，M2，M3）。